Barrundia significa “el interior”, lo que describe perfectamente la naturaleza de estos valles entre montañas. Las primeras referencias a Barrundia las encontramos en el documento conocido como “Reja de San Millán”, datado en el año 1025. Se trata de una relación de los pueblos de Álava que entregaban como tributo rejas de hierro al monasterio navarro-riojano de San Millán de la Cogolla. En aquel tiempo tanto Álava como La Rioja formaban parte del Reino de Navarra.

En el documento de la Reja aparece la merindad de Barrandiz, en la que figuran la mayoría de los actuales pueblos de Barrundia, junto con otros de los actuales municipios de San Millán y Asparrena. Otros pueblos hoy en Barrundia, pertenecían a la merindad de Ganboa.

Las más antiguas huellas de presencia humana en Barrundia están constituidas por los  vestigios de los pastores neolíticos, como son el dolmen de Elgeamendi y el menhir de Mugarriluze. Más adelante, hace unos tres mil años, llegarían pueblos célticos, cuyos restos se han hallado en el monte Santa Lucía de Gebara. A la llegada de los romanos, siglo I a.C., en el territorio de la actual Barrundia vivirían gentes de la estirpe de los bárdulos, pertenecientes al tronco de los vascones. Se trataría de una población muy pequeña, dedicada al pastoreo en los montes y al cultivo en el fondo de los valles, o sea, más o menos como ahora.

La romanización no supondría un gran cambio en el modo de vida de aquellos primitivos barrundiarras, aunque indudablemente su contacto con el exterior sería mayor, pues por la Llanada pasaba la calzada Iter XXXIV que iba de Burdigala (Burdeos) a Asturica (Astorga. La caída del imperio romano y la posterior islamización de la península ibérica tampoco alterarían substancialmente la vida de los barrundiarras, más allá de un mayor aislamiento. Durante todo ese tiempo Barrundia giraría en la órbita de la antigua Vasconia, en constante lucha con visigodos hacia el sur y francos hacia el norte. A partir del siglo IX formará parte del Reino de Pamplona.

Ya se ha dicho como la primera mención escrita de los pueblos de la actual Barrundia es la Reja de San Millán, datada en 1025. En 1200 Alfonso VIII de Castilla arrebatará estas tierras al rey navarro Sancho VII. En el siglo XV la zona sufriría las guerras de bandos, entre los oñacinos y los gamboinos, cuya sede se encontraba en Gebara. 

El noble linaje de los Gebara descendía de la familia de los que fueran tenentes, gobernadores diríamos hoy, de estos territorios cuando formaban parte del Reino de Navarra. El Rey de Navarra García Ramírez concedió a Don Ladrón de Guevara en 1134 el título condal. Tras la conquista, en 1200, de la parte occidental del Reino de Navarra por parte de Alfonso VIII de Castilla, los Gebara obviamente pierden el gobierno, pero conservan su título de condes de Gebara, siendo desde el siglo XV condes de Oñate. Esta familia siempre fue proclive a la reunificación con Navarra.

En las guerras civiles del siglo XIX, la población de Barrundia apoyó mayoritariamente la opción de los Reyes Carlistas. Sobre todo en la primera guerra se dieron aquí importantes hechos de armas. La conocida Batalla de Alegría discurrió, en uno de sus pasajes, en las cercanías de Etxabarri‑Urtupiña.